Με τη λέξη Πρέσπα εννοούνται η Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα, καθώς και η ευρύτερη λεκάνη απορροής. Η Μικρή Πρέσπα βρίσκεται σε υψόμετρο 857 μ. και η Μεγάλη Πρέσπα σε 852 μ. Περιβάλλονται από τα όρη Βαρνούντας (ανατολικά) και Τρικλαρίο ή Σφήκα (νότια), ενώ βόρεια από τα Ξεροβούνι ή Suva Gora και Galicica (το βουνό που χωρίζει τη λίμνη Οχρίδα ή Αχρίδα από τη Μεγάλη Πρέσπα).
Η Μικρή Πρέσπα ανήκει κυρίως στην Ελλάδα (περίπου 43,5 km2), ενώ ένα μικρό τμήμα, στα δυτικά, ανήκει στην Αλβανία (λιγότερο από 4 km2). Το τμήμα της Αλβανίας, λόγω της μείωσης της στάθμης του νερού, τείνει να εξαφανιστεί.
Η Μεγάλη Πρέσπα ανήκει σε Ελλάδα και ΠΓΔΜ, νυν Βόρεια Μακεδονία και επικοινωνεί υπόγεια με τη λίμνη Οχρίδα. Στην περιοχή υπάρχουν 4 Εθνικά Πάρκα : το Εθνικό Πάρκο Πρεσπών Ελλάδας, το Εθνικό Πάρκο Πρεσπών Αλβανίας και τα 2 Εθνικά Πάρκα Pelister και Galicica, της Βόρειας Μακεδονίας.
Παλιότερα η Μικρή και Μεγάλη Πρέσπα επικοινωνούσαν μεταξύ τους αλλά σήμερα τις χωρίζει μία λωρίδα γης, μήκους 3,5 km, γνωστή ως Μεγάλος Κάμπος. Στη Μεγάλη Πρέσπα σχηματίζεται μια μεγάλη παραλία, στη θέση που ονομάζεται Κούλα Πρεσπών, στο δυτικότερο σημείο του δίαυλου. Στη Μικρή Πρέσπα σχηματίζονται κυρίως υγρολίβαδα, όπως ο υγρότοπος της Βρωμολίμνης και βούρκοι, όπως του Λαιμού και του Πλατέος.
Στον ποταμό του Αγίου Γερμανού, που καταλήγει στη Μεγάλη Πρέσπα, ζει και αναπαράγεται η Ενδημική Πέστροφα Πρεσπών (Salmo peristericus), ένα είδος που κινδυνεύει με εξαφάνιση αλλά και πολλά άλλα ρεόφιλα είδη ψαριών. Τα ψάρια των Πρεσπών αναπαράγονται στην άκρη της λίμνης και σε μέρη με χαμηλή βλάστηση. Έχουν παρατηρηθεί 23 είδη ψαριών, 9 από τα οποία είναι ενδημικά, δηλαδή βρίσκονται μόνο εδώ γι’ αυτό και προστατεύονται από την Ευρωπαϊκή και Εθνική νομοθεσία. Οι Πρέσπες κατατάσσονται ανάμεσα στους 12 σημαντικότερους υγρότοπους της Μεσογείου, λόγω της σπάνιας ιχθυοπανίδας τους. Στις Πρέσπες θα συναντήσετε επίσης πολλά είδη υδρόβιων πτηνών όπως η βαλτόπαπια, που φωλιάζει στην Μικρή Πρέσπα.
Στο Εθνικό Πάρκο Πρεσπών οι περιοχές είναι χωρισμένες σε ζώνες, όπως :
Α. Ζώνες Απόλυτης Προστασίας της Φύσης,
Β. Ζώνες Προστασίας της Φύσης,
Γ. Ζώνες Οικοανάπτυξης και
Δ. Θέσεις με Προστατευόμενους Φυσικούς Σχηματισμούς και Τοπία ή Στοιχεία Τοπίων.