Η μονή του Αγίου Νικολάου βρίσκεται στην έξοδο του πανέμορφου Φαραγγιού του Γάφαρη (ή του Ρούβα), περίπου 48χλμ νοτιοδυτικά του Ηρακλείου και 3χλμ βόρεια του Ζαρού. Είναι κτισμένο στο σημείο που το 1994 μεγάλη πυρκαγιά κατέκαψε μεγάλο μέρος του πανέμορφου δάσους του φαραγγιού.
