Νότια του Μητροπολιτικού ναού του Αγίου Mηνά, περίπου 500 μ, σε μια ιστορική συνοικία του Ηρακλείου , είναι κτισμένος ο ναός του Αγίου Ματθαίου. Την σημερινή του μορφή την πήρε μετά τον σεισμό του 1508 . Ήταν άρρηκτα συνδεδεμένος με τη ζωή της πόλης, καθώς εδώ εκκλησιάζονταν, επί πρώτης Τουρκοκρατίας, όλοι οι Χριστιανοί του Μεγάλου Κάστρου. Οι Σιναίτες την παραχώρησαν σαν κέντρο λατρείας στην Ι. Αρχιεπισκοπή Κρήτης μετά την άλωση του Χάνδακα. Στον Άγιο Ματθαίο, μετέφεραν εικόνες και άμβωνα, που μέχρι τότε κοσμούσαν την Αγ. Αικατερίνη. Σήμερα στο ναό φιλοξενείται μια αξιόλογη συλλογή εικόνων , μεταξύ αυτών και σπουδαία δείγματα της Ύστερης Κρητικής σχολής όπως ‘’η Σταύρωση’’ του Γεωργίου Καστροφύλακα, (1752), ‘’ο Άγιος Τίτος και Σκηνές του βίου των 10 Μαρτύρων’’ του Ιωάννη Κορνάρου (1773).
