Πολλά στοιχεία που αφορούν τον Ιερό Ναό της Αγίας Τριάδος Ηρακλείου δεν υπάρχουν. Η Αγία Τριάδα Ηρακλείου έχει οικοδομηθεί επί των θεμελίων τουρκικού Τεμένους και στερείται του επιβαλλόμενου είς τους ορθόδοξους Χριστιανικούς ναούς προσανατολισμού.
Τα εγκαίνια του Ιερού τούτου ναού έγιναν στις 30 Μαρτίου του 1930 από τον θεοφιλέστατου επίσκοπο Αρκαδίας κ.κ Βασίλειο κωλιομένου του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου Κρήτης κ.κ Τίτου λόγω ασθένειας.
Κατά τη γερμανική κατοχή τα παράθυρα και οι πόρτες κατέπεσαν από τους βομβαρδισμούς των κατοχικών στρατευμάτων και χρειάστηκε να επισκευαστούν.